Из аналогов: Java, а вот что ждёт немикрософтовские эквиваленты .NET, время покажет.

Mono — проект по созданию полноценного воплощения системы .NET на базе свободного программного обеспечения. Проект Mono возглавляет Мигель де Иказа, известный разработчик, участник проекта GNOME и др.Mono включает компилятор языка C# — mcs, среду исполнения .NET — mono (с поддержкой JIT) и mint (без поддержки JIT), отладчик, а также ряд библиотек, включая реализацию ADO.NET и ASP.NET. В рамках проекта также разрабатываются привязки для графической системы GTK+ на платформу .NET.Среда исполнения mono может исполнять модули, написанные на языках C#, Visual Basic .NET, Java, Boo, Nemerle, Python, JavaScript, PHP и Object Pascal (при наличии компилятора в среду .Net/Mono). Ожидается также поддержка языков C, Ada 2005 и Eiffel.Принятая в проекте лицензия на компилятор и другие программы — GPL. Лицензия на среду исполнения и другие библиотеки — LGPL. Лицензия на библиотеки классов — X11 License.Реализации Mono существуют для следующих операционных систем: GNU/Linux, Solaris, Mac OS X, Microsoft Windows и Unix.Спонсор проекта Mono — фирма Novel

Mono будет всегда в роли догоняющего, либо разовьётся в собственное направление, а в этом случае ему уготована судьба аутсайдера.

Есть альтернативные стандартной JDK от остальных vendor-ов и community.
Ну а вобщем, с точки зрения прикладнлого програмного обеспечения, самое главное, чтобы задача была решена быстро, а уж на каком языке, Java или C# - то как-то роли не играет.

DotGNU — проект создания бесплатной свободно-распространяемой платформы программирования, альтернативы Microsoft .NET, который предоставляет возможности компилировать и запускать C# и Си-приложения, использующие базовые классовые библиотеки, XML, System.Windows.Forms — Но на операционных системах, как GNU/Linux, FreeBSD и Mac OS X.