Санкт-Петербургский государственный университет
Опубликован: 11.02.2010 | Доступ: свободный | Студентов: 533 / 93 | Оценка: 4.41 / 4.44 | Длительность: 08:19:00
Специальности: Программист
Лекция 4:

Фортран 90

Пример 1

Далее приводится листинг программы молекулярной динамики.

program mol_dyn

implicit real(8) (a-h, o-z) 
integer, parameter :: ndim = 1000 
!
! Массивы координат,  проекций скоростей и ускорений частиц 
!
real(8), dimension(1:ndim) :: x, y, vx, vy, ax, ay
!
!  Задание начальной конфигурации частиц
!
call start(x, y, vx, vy, N, Sx, Sy, dt, dt2, nsnap, ntime) 
!
!  Вычисление ускорений частиц
!
call accel(x, y, ax, ay, N, Sx, Sy, zpe)

zpe =0.0d0
!
!  Энергия выводится через nsnap шагов
!
do isnap = 1, nsnap
!
! Внутренний цикл - по шагам по времени
!
do itime = 1, ntime
!
!  Выполняется сдвиг частиц
!
call move(x, y, vx, vy, ax, ay,N, Sx, Sy, dt, dt2, zke, zpe) 
end do
!
! Вывод значений энергии:  кинетической,  потенциальной и полной
!
call output(zke,   zpe,   Sx,   Sy,  dt,  N,  ntime)

end do

end program !
!====================================================
!
subroutine start(x,  y,  vx,  VY,  N,   Sx,   Sy,  dt,  dt2,  nsnap,  ntime)

implicit real(8) (a-h, o-z) integer,  parameter :: ndim = 1000
real(8), dimension(1:ndim) ::  x,  y, vx, vy, ax, ay
!
!  Число частиц 
!
n = 200
!
!  Размер области моделирования
!
sx = 100.0d0
sy = 100.0d0 !
! Шаг по времени
!
dt = 1.0d-11 dt2 = dt**2 !
! Максимальное значение скорости
!
vmax = 10.0d0 !
!   Число строк в таблице вывода и количество шагов по времени между ними
!
nsnap = 200
ntime = 500
!
!  Формируется начальная хаотическая конфигурация
!
do i = 1, N
call rndm(ranx) 
x(i) = sx * ranx 
call rndm(rany) 
y(i) = sy  * rany 
call rndm(ranx) 
call rndm(rany) 
vx(i) = vmax * (2  * ranx - 1) vy(i)  = vmax * (2 * rany - 1) end do

do i = 1, N
vxcum = vxcum + vx(i) vycum = vycum + vy(i) 
end do

vxcum = vxcum / N vycum = vycum / N

do i = 1, N
vx(i) = vx(i) - vxcum vy(i) = vy(i) - vycum 
end do

end subroutine

!
!====================================================
!
subroutine move(x, y, vx, vy, ax, ay, N, Sx, Sy, dt, dt2, zke, zpe)

implicit real(8) (a-h, o-z) 
integer, parameter :: ndim = 1000
real(8), dimension(1:ndim) ::  x,   y,   vx,   vy,   ax,   ay

do i = 1, N
xnew = x(i) + vx(i) * dt + 0.5d0 * ax(i) * dt2 
ynew = y(i) + vy(i) * dt + 0.5d0 * ay(i) * dt2
!
! Учет периодических граничных условий
!
call cellp(xnew,  ynew, vx(i), vy(i), sx, sy) 
x(i) = xnew 
y(i) = ynew
vx(i) = vx(i) + 0.5d0 * ax(i) * dt vy(i) = vy(i) + 0.5d0 * ay(i) * dt 
end do

call accel(x, y, ax,  ay,  N,   Sx,   Sy,   zpe)

do i = 1,  n
vx(i) = vx(i)  + 0.5d0  * dt * ax(i)
vy(i) = vy(i)  + 0.5d0  * dt * ay(i)
zke = zke + vx(i)**2 + vy(i)**2 end do

end subroutine
!
!====================================================
!
subroutine accel(x, Y, ax, ay, N, sx, sy, zpe)

implicit real(8) (a-h, o-z)
integer,  parameter  ::  ndim = 1000
real(8),  dimension(1:ndim) :: x, y, ax, ay

do i = 1,  n
 ax(i) = 0.0d0
ay(i) = 0.0d0 end do

do i = 1,  n 
do j = 1,  n 
 if(i /= j) 
  then 
  dx = x(i) - x(j)
dY = y(i) - y(j)

if(dabs(dx)>0.5 * sx) dx = dx - sign(sx, dx) if(dabs(dy)> 0.5 * sy)  dy = dy - sign(sy,  dy)

!  Вычисление силы,  действующей на j-ю частицу
!
r = dsqrt(dx**2 + dy**2) 
ri = 1.0d0 / r 
ri6 = ri**6
g = 24.0d0 * ri6 * ri * (2.0d0 * ri6 - 1)
force = 0.5d0 * g * ri
pot = 4.0d0  * ri6  * (ri6**2 - 1.0d0)

ax(i) = ax(i) +	force	* dx
ay(i) = ay(i) +	force	* dy
ax(j) = ax(j) -	force	* dx
ay(j) = ay(j) -	force	* dy
zpe = zpe + pot
end if

end do 
end do

end subroutine !
!====================================================
!
subroutine cellp(xnew,  ynew,  vx,  vy,   Sx,   Sy)

implicit real(8)   (a-h,   o-z)
if(xnew < 0) xnew = xnew + sx
if(xnew > sx) xnew = xnew - sx
if(ynew < 0) ynew = ynew + sy
if(ynew > sy)ynew = ynew - sy

end subroutine
!
!====================================================
!
subroutine output(zke, zpe, sx, sy,dt, n, ntime) 
implicit real(8)   (a-h,   o-z)
data iff/0/

if(iff == 0) then iff = 1
write(6,*) '	ke pe tot'
end if

zke = 0.5d0 * zke / ntime zpe = zpe  / ntime 
tot = zke + zpe

write(6, "(6(1x,  e13.6))") zke, zpe,tot

zke = 0.0d0
zpe = 0.0d0

end subroutine 
!
!  Генератор псевдослучайных чисел 
!
subroutine rndm(ran) implicit real*8(a-h,o-z)
data a31/2147483647.d0/,  mul/16807.d0/,  x/268435451.d0/ 
t = dmod(x * mul, a31) 
ra = t
x = t
ran = ra / a31 end subroutine

Приложение. Рекомендации по выполнению работы

Задание 1

Исходный текст последовательного варианта программы снабжен комментариями.

Задание 3

Применение третьего закона Ньютона:

F(r_i,r_j)=- F(r_i,r_j)

позволяет сократить объем вычислений в цикле примерно в 2 раза.

Следующий прием основан на введении "радиуса обрезания" R_{cut} и разбиении всех частиц на две группы по отношению к данной:

  1. частицы, для которых \mid r_i-r_j\mid \le R_{cut} ;
  2. частицы, для которых \mid r_i-r_j\mid > R_{cut}

R_{cut} выбирается таким образом, чтобы частицы из первой группы давали основной вклад во взаимодействие. Выбор обычно выполняется эмпирически, то есть, на основе пробных расчетов.

При вычислении силы сумма делится на две подсуммы по группам частиц: F_i=\sum\limts_{\mid r_i-r_j \mid \le R_{cut}} F(r_i,r_j) + \sum\limts_{\mid r_i-r_j \mid > R_{cut}} F(r_i,r_j)

Если вклад от удаленных частиц пересчитывать реже, чем от частиц, для которых \mid r_i-r_j\mid \le R_{cut}, трудоемкость вычисления силы уменьшится.